冬瓜文蛤汤虽然鲜美可口并且营养丰富，但是食用时不注意也可能造成病从口入。首先，作为一种河鲜，易感染肺吸虫和肝吸虫，吃了未经煮熟的文蛤就可能会导致寄生虫感染。所以食用文蛤时最好是彻底煮熟煮透，才能有效杀灭潜在细菌。腌制的食法是有一定风险的。
再者贝壳类的沙肠、排泄器官是不宜食用的，选购文蛤时最好是买鲜活的，置于清水中一段时间让其吐沙，处理时也要除去它的沙肠等。判断文蛤是死是活方法很简单，拿起一只文蛤轻敲打其壳若为“砰砰”声，则文蛤是死的；相反若为“咯咯”较清脆的声音，则文蛤是活的。
中医认为，蛤蜊肉性寒，味咸。在食用蛤蜊时忌于田螺、橙子、芹菜同食。再者虽然文蛤适合高胆固醇、高血脂体质、患有甲状腺肿大、支气管炎、胃病等疾病的人食用，但是有宿疾者应慎食，脾胃虚寒者不建议多吃。
冬瓜性寒凉，脾胃虚寒、易泄泻、胃寒者慎食用过多的冬瓜。女性生理期间和患有寒性痛经的也忌食冬瓜。还有久病与阳虚肢冷者忌食。还有冬瓜不宜与鲫鱼、醋搭配食用。
