南瓜虽然是一种好东西但是也不能吃多，食用过量可能会出现烧心、呕吐等现象，也会影响我们的血色，这点爱美的女士得注意了。专家的解释是由于摄取过多的胡萝卜素而产生胡萝卜素黄皮症。胡萝卜素沉淀在我们表皮的角质层当中会使鼻子、前额、手掌、脚掌、眼睛周围、指甲旁等皮肤呈现柠檬黄色。所以南瓜最好是跟其他的果蔬一起搭配，且不要当做一天三餐食用。
在搭配方面，南瓜不可与相克的虾、鲤鱼、带鱼、螃蟹等食物同食，不然会导致呕吐、腹泻等食物中毒症状。再者南瓜还有一定量的维生素C分解酶，这也就使得南瓜不宜与含维生素C丰富的蔬菜（红枣、番茄、菠菜、白菜、、油菜、椰菜）一起食用，避免损耗维营养物质生素C。《本草纲目》也有告诫南瓜与羊肉同食会令人气壅，这是由于它们的补中益气与大热补虚性质相克。
一般来说南瓜是一种大众食材，特别适合肥胖和高糖高血压者，但是南瓜性温，胃热炽盛者、气滞中满者、湿热气滞者要少吃，患有脚气、黄疸、气滞湿阻病者也是要避免食用南瓜的。
