进行肾移植后，有可能会出现排异反应、药物反应、感染等不良反应。
移植肾对患者来说属于异物入侵，所以部分患者做完肾移植手术后会出现排异反应，伴随低烧、尿量减少、体重增加、移植肾增大、血肌酐上升、蛋白尿、血压上升、下肢水肿的表现。急性排异反应大多会发生在手术7-60天内，慢性排异反应可能在手术半年以后出现。
肾移植手术后，患者可能需长期口服免疫抑制剂减少排异反应，但这类药物会加重肝肾负担，长期用药可能损伤肝肾功能，出现肾功能不全、肾功能衰退等严重后果。部分患者还因药物中毒，诱发移植肾肾病。长期应用激素类药物，可能导致骨质疏松。
肾移植手术属于大手术，会伤元气，患者的免疫力较低，无法阻挡细菌、病毒入侵，感染带状疱疹、感冒等疾病的风险较大。长期服用免疫抑制剂，还可能出现泌尿生殖系统感染。
