绿豆芽不熟时，少量食用通常不会引起中毒反应。如大量食用可能会出现中毒反应，还会影响营养的吸收。
生绿豆芽和生黄豆芽一样，都含有胰蛋白酶抑制剂、皂甙等物质，经加热烹饪后，胰蛋白酶抑制剂会被灭活，皂甙会进入汤水中，不会引起不良反应。但吃不熟的绿豆芽或生绿豆芽，使胰蛋白酶抑制剂和皂甙进入肠胃系统，会刺激肠胃黏膜。如只是少量食用，对胃肠黏膜的刺激性较小，肠胃功能较好者通常不会出现明显不适症状。如肠胃功能较差或大量食用不熟的绿豆芽，对肠胃黏膜刺激性较大，常会出现恶心、呕吐、腹胀等不适症状。
生绿豆芽中含有抗凝血素、生物碱、胰蛋白酶抑制等物质，属于抗营养成分的物质，食用不熟的绿豆芽，使上述物质大量进入体内，不利于营养吸收。
