木瓜中的番木瓜碱对人体微有毒性，因此每次食用不宜过多，多吃会损筋骨、损腰部和膝盖，另外过敏体质者应慎食。体质虚弱及脾胃虚寒的人，不要食用经过冰冻后的木瓜。下部腰膝无力，由于精血虚、真阴不足者不宜用。伤食脾胃未虚、积滞多者，不宜用。 木瓜与油炸食物同食，会引起肠胃不适，并可能导致腹泻、呕吐。木瓜不可与海鲜一起吃。可能会导致腹痛头晕，食物中毒。木瓜不可与南瓜一起吃。会降低营养价值。木瓜不可与四环素以及补铁类食物一起吃。木瓜不可与油炸食物一起吃。容易引起肠胃不适，严重者可能导致腹泻、呕吐等症状。木瓜不可与人参一起吃。
