有机大米不是转基因大米，有机大米和转基因大米是不同层次的概念。有机主要指生产方式，而转基因更多在于育种方法上。
有机大米使用的是常规水稻育种。常规水稻是通过系统选育、杂交育种、辐射育种和化学诱变等方法培育的纯系品种，目前我国种植的大米大部分品种均为常规水稻。常规水稻在整个研发过程中，从未涉及转基因技术。而转基因水稻是通过转基因方法培育的水稻品种。所谓转基因是将基因人工转移的一种技术，它将人工分离和修饰过的基因转移到生物体的基因组中，由于导入基因的表达，引起生物体性状可遗传的变异，利用这种变异培育新品种。例如，通过转基因技术将胡萝卜素转化酶系统转入到大米胚乳中可获得外表为金黄色的转基因大米。
我国规定优质大米的生产分为无公害、绿色和有机三大类，三者的差别在于生产时所要求的土、水、气等环境条件和所用的化肥、农药等投入品不同，与使用品种无关，三者均需通过农委相关管理部门的认证。因此，有机大米只是优质大米的一种，与转基因没有关系。
