假膜性肠炎由以下两种菌群引起毒素。
1、梭状芽杆菌难辨
梭状芽杆菌难辨是与抗生素有关的假膜性肠炎的关键发病原因。这种细菌是体内常驻细菌存在于正常人的肠道中。在没有接受抗生素治疗的患者中，难以区分的梭状芽细胞杆菌数量只占厌氧菌的2%~3%，细菌产生的毒素少，甚至不产生对人体疾病的毒素。人群中梭状芽细胞杆菌的检测率为5%~13%，通常这些细菌相互制约，不能大量繁殖，也不病。长期使用大量抗生素可以抑制肠道内各种细菌的生长，不受抗生素影响的耐药性很难区分梭子芽杆菌迅速繁殖。大便中梭状芽细胞杆菌达到厌氧菌的10%~20%，产生大量外毒素，引起粘膜坏死、渗出性炎症和假膜形成，在所有假膜性肠炎大便中几乎可以找到这种外毒素。
2、溶血性耐药性金黄色葡萄球菌
使用大量广谱抗生素后(如土霉素、氯霉素、四环素、氨溴索、先驱霉素等)，抑制肠道内含大肠杆菌的各种菌群，耐药性金黄色葡萄球菌大量繁殖外毒素将这种患者的粪便涂层作为革兰染色，可以找到很多球菌，将这种细菌产生的毒素注射给动物也可以发生假膜性肠炎。
