肺部真菌感染能否治好取决于病人自身免疫状态和基础疾病、真菌感染的严重程度及类型两个方面。
1、病人自身免疫状态和基础疾病
单纯性肺部真菌感染，患者免疫力较强，未有其他基础性疾病，经过系统性治疗，病情可逐渐控制；免疫功能较差，长期伴有其他基础性疾病，需要长期服用激素、免疫抑制剂者或伴有高血压、糖尿病等基础性疾病者、慢阻肺患者，治疗较为棘手，治疗难度加大。
2、真菌感染的严重程度及类型
肺部念珠菌、隐球菌感染，通过系统性抗真菌治疗，多数患者可完全治愈；但是曲霉菌等顽固性霉菌感染，毒副作用较大，即便采取真菌治疗，也不能将一些致病菌完全消灭，治愈难度较高。
