一般情况下，结膜囊肿形成有先天性原因，也有后天性原因，如结膜外伤、炎症刺激、寄生虫入侵、腺体阻塞、内分泌紊乱。具体分析如下：
结膜囊肿是一种良性肿瘤，有些宝宝出生后不久，就会在结膜处出现囊肿，这可能是先天性的结膜囊肿。主要是在胚胎期眼部发育出现异常导致。先天性的结膜囊肿常会伴随着小眼球、眶睑囊肿等并发症出现，对视力影响比较大，需要尽早治疗。
1.结膜外伤：在做结膜手术的时候，让结膜受损；或者在日常生活中不小心，让结膜出现外伤，都可能会让结膜上皮植入结膜下，时间长了就可能会出现植入性的结膜囊肿。
2.炎性刺激：患有结膜炎后，结膜长时间受到炎性刺激，结膜上皮细胞会向内生长，这时也可能会出现结膜囊肿。这类囊肿常会出现在下睑结膜处。
3.寄生虫入侵：平时不注意眼部卫生，让寄生虫入侵眼部，就可能会诱发结膜囊肿。还有的患者是在饮食上不注意，导致寄生虫入体，进入结膜引起，比如吃了带有猪囊尾蚴的肉后，就可能会患上这种疾病。患者的结膜处出现圆球型的囊肿，一旦确诊应尽早手术切除。
4.腺体阻塞：患有结膜炎、角膜炎等感染性疾病后，常会因为炎症刺激，导致腺体口堵塞；还可能在疾病治愈后留下瘢痕，瘢痕收缩也可能会让结膜腺体口堵塞。此时分泌物不能顺利排出，时间长了就会出现囊肿。
5.内分泌紊乱：情绪不稳、经常熬夜、过度疲劳或者患有代谢性疾病时，都可能会导致内分泌紊乱，这也会让结膜的腺体代谢异常，有可能会引发结膜囊肿。
