近年来，国内外广泛开展腹腔镜手术治疗巧克力囊肿。开腹手术能做的腹腔镜手术几乎都能完成。
巧克力囊肿虽常有一些粘连，却很适合腹腔镜手术剥离和止血。因为巧克力囊肿粘连而害怕腹腔镜手术，一般是手术医生技术尚不够熟练和经验不足的表现，在这种情况下不要贸然去试着手术，因为容易出现手术并发症比如出血、感染和损伤周围脏器等。
腹腔镜手术具有创伤小、恢复快和术后盆腔粘连少等优点，术后疼痛缓解率及妊娠率可达到开腹手术的效果，深受患者好评。
巧囊如果不积极治疗，可能发生巧囊破裂，类似急腹症，逼迫患者急诊就诊，在个别缺乏治疗经验的医院对这种新型的急腹症的认识不足，通常为患者进行剖腹探查手术，而此时，囊肿多伴有严重的炎症反应，手术不容易将囊肿剥除干净，甚至导致一侧卵巢的完全切除，患者的损失比较大。所以，综上所诉，开展手术治疗是治好巧克力囊肿的好办法。
