婴儿出现消化不良的时候，可以在医生指导下服用益生菌，达到改善消化不良的目的。常用益生菌包括双歧杆菌、枯草杆菌、布拉氏酵母菌等，能够调节大便紊乱、腹泻、腹痛、厌食等情况，并改善肠道菌群紊乱，抑制致病菌生长，提高肠道功能，改善消化不良，增加婴儿食欲。
双歧杆菌属于人体有益菌，在人和动物的消化道、口腔中都有分布，能够促进婴儿对矿物质的吸收，从而刺激胃肠道蠕动，改善消化不良的症状；并抑制机体内有害细菌的生长。
枯草杆菌能够合成各种酶类物质，可以与人体消化道中的消化酶类一同发挥作用，促进食物的消化、吸收，调理婴儿消化不良。
布拉氏酵母菌能够调节肠道菌群，常用于缓解消化不良及腹泻症状，但对乳糖或果糖过敏的婴儿不能应用；因其药物成分内含有果糖和乳糖。
