非淋菌性尿道炎不影响生存期，保持正常寿命。但是该病易合并其它并发症、导致不孕不育、排尿障碍、性功能障碍。
1、合并其它并发症
非淋菌性尿道炎炎症可上行或下行感染，合并男性前列腺炎、附睾炎、尿道腺炎、睾丸炎；女性盆腔炎、宫颈炎。
2、导致不孕不育
非淋菌性致病菌逆行感染至男性前列腺、精囊、附睾，易导致精子异常合并不育症；感染至宫颈、子宫内膜、输卵管等部位，引起不孕症。
3、排尿障碍
排尿时，尿道口伴有灼热或轻度刺痛。患者主诉尿道口红肿、灼痛，严重时导致排尿障碍。
4、性功能障碍
男性患者未及时治疗容易诱发性欲减退、阳痿、早泄等性功能障碍，影响正常生活。
