起病多数缓慢、病程呈慢性隐匿过程，有活动期和缓解期相交替的趋势。少数为急性起病，可表现为急腹症、肠穿孔、肠梗阻等。
一、腹痛 是最常见的症状，多位于右下腹或脐周，一般为中等度疼痛，呈痉挛性，餐后加重，禁食、休息、局部热敷可减轻。如炎症波及腹膜或急性肠穿孔时可出现全腹剧痛，呈急性腹膜炎表现。
二、腹泻 粪便呈糊状，一般每日3－4次，常无脓血及粘液，病变位于结肠远端常有粘液血便。
三、腹块 由于肠壁或肠系膜增厚、肠粘连、肠系膜淋巴结肿大，内瘘或局部脓肿形成，故常可于右下腹扪及包块，比较固定，边缘不很清楚，有压痛。
四、瘘管形成 为本病的特征性体征。
五、肛门直肠周围病变。
六、全身表现 约三分之一的病人有间歇性低热或中等度发热，偶有高热。严重者可有贫血、消瘦、低蛋白血症及水电解质紊乱。
七、肠外表现 部分病人有鹅口疮性口炎、结节性红斑、杵状指、皮肤溃疡、关节炎和肝肿大等。
