引起肝功能异常的原因很多，可概括为以下几类：
1.感染寄生虫、钩端螺旋体、细菌、病毒均可造成肝脏损害。
2.化学药品中毒。如四氯化碳、氯仿、磷、锑、砷剂等，往往可破坏肝细胞的酶系统，引起代谢障碍，或使氧化磷酸化过程受到抑制，atp生成减少，导致肝细胞变性坏死；有些药物，如氯丙嗪、对氨柳酸、异菸肼、某些碘胺药物和抗菌素(如四环素)，即使治疗剂量就可以引起少数人的肝脏损害，这可能与过敏有关。
3.免疫功能异常。肝病可以引起免疫反应异常，免疫反应异常又是引起肝脏损害的重要原因之一。
4.营养不足缺乏胆硷、甲硫氨酸。这是因为肝内脂肪的运输须先转变为磷脂（主要为卵磷脂），而胆硷是卵磷脂的必需组成部分。甲硫氨酸供给合成胆硷的甲基。当这些物质缺乏时，脂肪从肝中移除受阻，造成肝的脂肪性变。
5.胆道阻塞胆道阻塞。使胆汁淤积，如时间过长，可因滞留的胆汁对肝细胞的损害作用和肝内扩张的胆管对血窦压迫造成肝缺血，而引起肝细胞变性和坏死。
6.血液循环障碍如慢性心力衰竭时，引起肝淤血和缺氧。
7.肿瘤如肝癌对肝组织的破坏。
8.遗传缺陷。有些肝病是由于遗传缺陷而引起的遗传性疾病。
