一般认为臭豆腐这种发酵的食物营养价值低，吃了还可能不利于健康。但近年来有些研究表明，臭豆腐中也含有对人体有益的营养物质。
日本的研究表明：臭豆腐中含有植物性乳酸菌，跟酸奶中的一样，包括高浓度的单宁酸、植物碱等，而植物性乳酸菌在肠道中的存活率比动物性乳酸菌高，而臭豆腐中的原料豆腐干本来就是营养价值很高的豆制品，同时含有丰富的钙质。经过发酵后，蛋白质分解为各种氨基酸，又产生了酵母等物质，所以有增进食欲，促进消化的功效。
此外，一项科学研究表明，吃臭豆腐，对预防老年痴呆还有积极作用。因为制成后的臭豆腐合成了大量维生素B12。每100克臭豆腐可含有10微克左右。缺乏维生素B12可以加速大脑老化进程，从而诱发老年痴呆。而除动物性食物，如肉、蛋、奶、鱼、虾含有较多维生素B12外，发酵后的豆制品也可产生大量维生素B12，尤其是臭豆腐含量更高。所以，臭豆腐对于老年痴呆症的预防还是有一定效果的。
不过，由于臭豆腐在发酵过程中极易被微生物污染，同时还含有大量挥发性盐基氨及硫化氢，这些物质对人体有害，所以油炸臭豆腐多吃会拉肚子，特别是肠胃不好的人，不宜一次性吃太多。
