唇腭裂的发病原因至今尚未完全明确。一般来说，1.营养不足的特别是维生素不足是唇腭裂畸形的重要因素。怀孕前3个月，营养不良和维生素不足的历史(包括过度呕吐)，有可能使胎儿唇裂。2.药物影响反应停止、阿司匹林、抗生素和皮质激素类药物，提高胎儿畸形的发生率。 3.情绪影响有人认为在唇腭发育的关键时刻，孕妇生理或情绪上的紧张，易致胎儿畸形，这与母体内皮质激素分泌增加，因而抑制了纤维母细胞的发育有关。 4.病毒感染 也被认为是致病因素。妊娠初期患风疹，容易引起胎儿畸形。这在1940年澳大利亚风疹流行中已得到证实。但是否是风疹病毒本身，还是由于间接因素造成畸形，则有待进一步证实。5.遗传因素 唇腭裂畸形的发生常与遗传有关。我们可以在一个家庭中发现一个以上的畸形患者，在咨询家族史上也可以发现直系或旁系亲属中有同样的畸形。文献的最高数字是Fogh-Anderson报告的唇裂有27%的遗传率，唇腭裂同时存在达到41%，单纯腭裂的遗传率为19%。Barsky(1950)的统计为5%。宋儒耀(1957)统计为4.3%。这些数据差异很大，需要进一步统计。但更重要的是遗传学本身的变异结果。这些遗传性因生活条件和新陈代谢的变异而变化，决不会继承给子孙。另外，放射能也会引起胎儿畸形。也就是说，胚胎发育第4~8周，由于某种原因影响第1、2腮弓的正常发育，唇裂发生的第8~12周，有可能出现腭裂。
