(1)慢性细菌性痢疾:常有明确的急性细菌性痢疾史，从粪便、直肠擦拭或内镜检查中获得的渗出物培养，分离痢疾杆菌，抗菌药物治疗有效。
(2)慢性阿米巴肠病:病变以近端结肠为主，溃疡边缘潜行，溃疡间结肠粘膜正常，粪便中可找到溶解组织阿米巴包裹或滋养体，用抗阿米巴药物治疗有效。
(3)道刺激综合征:粪便中有大量粘液，但无脓血。除肠道症状外，患者常伴有头痛、焦虑不安、注意力不集中、失眠等明显的神经官能症状，x线和肠镜检查只提示结肠痉挛等变化，没有其他炎症病变。
(4)结肠癌:本病多见于中年后腹泻、脓血便、肠梗阻等。x线检查显示，病变部位有粘膜破坏、肠壁僵硬、充盈缺损、肠腔狭窄等肿瘤征兆，直肠诊断可接触肿瘤，内镜检查可见癌症，活组织检查可证实。但是，必须指出，有时结肠炎可以在结肠癌的基础上并发，相反，结肠癌可以在溃疡性结肠炎的基础上并发。
(5)克隆病:克隆病变主要侵犯回肠末端，腹痛多位于右下腹或脐周，内急后罕见，粪便无粘液脓血，腹部肿块、瘘管形成，肛门和直肠周围病灶多见x线钡剂造影检查回肠末端可见线样征乙状结肠镜检查多为正常，直肠和结肠累积时，病变部位的粘膜呈卵石状隆起，圆形、纵行线状或蠕行性溃疡
