结肠休息室应与肠壁运动异常性疾病鉴别，常见的有肠刺激综合征、肿瘤、阑尾炎、结肠炎性疾病等。
1、结肠癌
结肠癌与休息室疾病有很多相似之处:随着年龄的增长发病率的增加，可以发生在任何结肠部位，乙状结肠多发，临床症状相似，大便习惯变化，下腹痛，引起障碍和穿孔，临床疾病隐藏但是，休息室炎症腹痛严重，伴有发热、白细胞增多，结肠癌出血是潜血阳性或少量出血，休息室疾病出血少，中等或大量出血。约20%的休息室患者合并了息肉和肿瘤。钡灌肠诊断肿瘤假阳性率为10%~20%。诊断息肉的假阳性率为22%~35%。因此，对于左侧结肠病变，乙型结肠镜是优先的检查手段。
2、阑尾炎
盲肠休息室炎或乙状结肠休息室炎位于右下腹时，可以出现类似阑尾炎的症状，但阑尾炎比休息室炎更常见，具有转移性腹痛的特点。盲肠休息室炎的初期疼痛固定在右髂窝上，不是脐周和上腹部，疼痛也不是从脐周和上腹部开始，从症状住院时间长(3~4天)，呕吐少见，恶心和腹泻多见。如果不排除阑尾炎，需进行手术探查，如发现有憩室炎，通常一并切除。因此，遇到右下腹疼痛而病因不明确时，可行CT扫描以排除憩室炎。
3、炎症性肠道疾病
结肠炎性疾病和休息室炎症均可引起腹痛，大便习惯改变，便血和发热。溃疡性结肠炎容易与休息室炎鉴别，溃疡性结肠炎几乎影响直肠，直肠镜检查可以简单准确地排除溃疡性结肠炎。憩室炎和克罗恩病均可形成窦道、梗阻和脓肿，当造影发现多发的腔内病变和纵形的黏膜下瘘管，则克罗恩病的可能性较大。老年病人的憩室病和克罗恩病较难鉴别时，可行灌肠或内镜检查以获正确诊断。
4、消化道出血
憩室并发出血时，症状类似十二指肠溃疡出血，如经直肠排出大量鲜红血液，常伴有低血容量休克表现，应仔细鉴别。询问病史、体检、留置胃管、胃镜检查，可排除上消化道出血。先天性血管发育不良、动静脉畸形、毛细血管扩张、血管疾病等是下消化道出血的原因。憩室疾病并发大出血，核素扫描和肠镜检查有助于诊断，但选择性肠系膜动脉造影在急性出血时是最可靠、最有确诊意义的检查，根据造影血管的行走、分布、造影剂是否溢出和肠管显影来判断病灶的位置，区分憩室、肿瘤和血管畸形。
