肠胃感冒具体用药需结合病因及症状分析。如免疫缺陷，可吃抗病毒药；细菌感染所致，可吃抗生素；伴随高热者，可吃非甾体类抗炎药；病原微生物感染者，可吃黏膜保护剂；伴碎鼻塞流涕者，可应用减充血剂等。肠胃感冒是由柯萨奇病毒引起，并伴有细菌性感染胃肠道炎症，有胃肠道功能紊乱、消化不良、肾脏损害等副作用。
人体免疫系统可清除引起肠胃感冒病毒，无需应用抗病毒药。若有免疫缺陷，可服用利巴韦林等抗病毒药，尽快抑制病毒复制，缩短病程。
如出现发热、咳黄痰，多因合并细菌感染所致，可酌情应用青霉素类、大环内酯类或头孢类抗生素，如阿莫西林、阿奇霉素、头孢呋辛等。
常用药为尼美舒利，有解热镇痛、抗炎等作用，可缓解肠胃感冒导致高热。患有活动性消化性溃疡病、严重肾功能障碍或肝功能不全者，禁用此药。
如发生水样腹泻，可服用蒙脱石散。该药为黏膜保护剂，能抑制病原微生物及其毒素对胃肠道产生持续刺激，并能保护消化道黏膜。
如伴随大量流鼻涕、严重鼻塞等症状，用药可收缩鼻黏膜血管，防止大量血浆进入鼻黏膜组织间隙，减轻鼻塞及流鼻涕症状。
