小儿脑囊肿属于颅内占位性病变，如果没有明显的症状，可以采取保守治疗的方法。如果疾病较严重，该疾病主要是以手术治疗为主，分别是内镜下囊肿脑池造瘘术和剥离开窗术。
1.保守治疗：小儿脑囊肿是很常见的颅内占位性病变，囊肿内大多是脑积液，所以属于良性病变。因为囊壁包裹大多数和脑积液相通，如果患上该疾病后没有明显的症状就不需要进行特殊的治疗，主要是采取保守治疗。可以在每年进行复查，做颅脑CT扫描，这样能够明确囊肿的大小是否有变化，以及脑组织受压的程度。
2.内镜下囊肿脑池造瘘术：根据手术创伤角度来选择，可以采取内镜下囊肿脑池造瘘术，这是一种微创手术，需要满足一些必要的条件才能进行。首先囊肿在颅底里和脑池之间要有一定的交界，且存在安全可及的内镜入路。有少部分患儿脑病处于高分泌状态，这个时候如果进行该项手术，可能无法有效缩小，建议可以选择开颅囊壁切除术。
3.剥离开窗术：如果囊肿比较大，而且已经对脑部组织产生了压迫，例如临床症状明显或囊肿破裂出血等，就需要首先考虑使用纤维内镜下剥离开窗、显微镜下蜘蛛网囊肿剥离开窗术，通过使用该项手术，可以将囊肿内脑积液和蛛网膜下腔的脑脊液疏通，从而降低脑腔内的压力，恢复脑组织之前的空间，促进脑组织的正常发育。
