病毒性结膜炎可能自愈，但病程较长，期间病情可能加重。建议治疗控制症状，避免对眼部造成更大损害。
部分急性结膜炎可自愈。病毒性结膜炎在患者免疫力较强时可能自愈，但耗费时间较长，期间病情可能加重，甚至影响视力。不建议靠自身免疫力自愈，建议积极治疗，控制感染，减轻对眼部造成损害。
急性结膜炎应根据病因选择相应药物。细菌性结膜炎可选择抗生素滴眼液治疗，如妥布霉素滴眼液；病毒性结膜炎可选择抗病毒滴眼液治疗，如利巴韦林滴眼液；过敏性结膜炎可选择抗组胺药物治疗，如色甘酸钠滴眼液。经正确用药，可很快恢复。
