药流孕囊排不出来应在医生指导下进行二次药流或服用促子宫收缩的药物，若三天还未排出孕囊，应进行清宫手术。
药流时孕囊一般可在八个小时之内排出，若超过八个小时未排出孕囊，应在医生指导下再次服用药物进行二次药流。或服用促子宫收缩药物，帮助孕囊排出。
孕囊残留在子宫内会发生坏死，出现腐败感染的情况，导致子宫内膜受到感染，引发子宫内膜炎。也可能形成稽留流产，造成大出血。因此，若三天后孕囊仍未排出，应尽早进行清宫手术。
