药流吃完药两到六个小时左右大多能排除孕囊，但具体时间因人而异。部分女性可能有药流不全的情况，需再做清宫术去除孕囊。
药流时需连续服用三天的药物。前两天每天都在同一时间段服用一次米非司酮片杀死孕囊，第三天服用米索前列醇片促进子宫收缩，可使孕囊排出体外。通常在用药两到六个小时后能排出孕囊，伴随腹部疼痛、阴道出血的表现。
但药流时排除孕囊的时间存在个体差异，具体与对药物的敏感程度有关。如对米索前列醇片比较敏感，可能在用药两个小时左右完全排除孕囊。如对药物不敏感，可能在服药六个小时左右才能排出孕囊。还有部分女性服用药物后，无法顺利排出孕囊，导致药流不全，伴随阴道持续出血表现。一旦确定为药流不全需进一步做清宫处理，否则可能因失血过多引起贫血，还会增加宫内感染的风险。
