大豆分离蛋白本身无害，但过量食用可能会导致肥胖、钙消耗量增加。
大豆分离蛋白是一种优质的植物蛋白，含有非常丰富的蛋白质以及20多种氨基酸，并不含胆固醇。适量食用大豆分离蛋白并没有害处，但若过量食用，有可能产生危害。虽然大豆分离蛋白是一种低脂食物，但若过量食用，有可能导致体内的脂肪含量增加，脂肪堆积会导致身体发胖，影响外在美观。
过多的食用大豆分离蛋白有可能会消耗骨骼中的钙质，若是钙质补充不足，消耗量又明显增加，容易影响骨骼的生长发育，也会降低骨密度，导致骨骼变得很脆，甚至引发骨质疏松。
