附睾头囊肿会引起继发性性功能障碍，影响正常性生活。若囊肿对睾丸造成严重压迫，可造成睾丸萎缩，甚至影响生育能力。
1、影响正常的性生活
若附睾头囊肿体积较大，患者在性交过程中出现睾丸和阴囊疼痛的现象。易引起继发性功能障碍，对正常性生活产生影响，甚至影响夫妻感情。
2、睾丸萎缩
若附睾头囊肿病情不断加重，体积不断增大，易压迫到睾丸。影响睾丸正常血液供应，导致睾丸萎缩。
3、影响生育
附睾头囊肿严重时可影响精子合成，导致精子量减少，甚至是导致死精和无精。患者的生育能力受到影响，严重者会直接丧失生育能力。也可将病菌传染给配偶，使配偶患上妇科炎症。
