自体表皮移植作为一个治疗白癜风疗效较为显着的治疗方法，并不是对所有的患者都能用。自体表皮移植术的适用范围与其他外科疗法一样，都是静止期患者，且对局限型、节段型白癜风效果较好。
首先，以影响美容的部位为首要选择。
表皮移植首要选择影响美容的部位，如面部、颈部及其他外露部位的白斑进行治疗。从部位选择上来讲，位于平坦处、活动度小的皮损治疗效果好。但是对于长期、大量使用过激素类外用药，导致表皮萎缩、表皮与真皮有不同程度粘连及毛细血管扩张的白癜风患者，疗效不佳。
其次，活动期白癜风患者不宜进行表皮移植术。
活动期的白癜风病损部位还在发展扩大，如行表皮移植术，局部移植解决不了问题，还可能发生同形反应，反而使白斑扩大。因此此时行表皮移植术效果不好，成活率低，需要在其他疗法(如药物)治疗控制病情后，才能考虑用表皮移植。
此外，由于抗甲状腺抗体与白癜风的发病有着密切的关系，因此伴有甲亢等自身免疫性疾病的白癜风患者，不宜进行表皮移植术。
