目前临床尚无特效的生殖器疱疹的治疗方法，一旦染上又容易复发，因此预防是很重要的。道德标准是最重要的，不搞性乱，洁身自爱，一夫一妻，白头偕老。生殖器疱疹患者在性活动中应使用避孕套，使用避孕套前应检查有无破口，使用时防止滑脱，使用后应防止遗漏等。由于病毒极其微小，数量很多，尽管使用避孕套，也不能绝对避免病毒通过，但采用避孕套，对防止染上疱疹病毒及其他性病仍不失为一个行之有效向又简单易行的方法。
预防生殖器疱疹的复发是一个困难的课题。虽然目前有抑制疱疹病毒的药物如阿昔洛韦（无环鸟苷）等，用于生殖器疱疹发作初期，有缩短病程，减轻症状的作用，但并不能防止复发。长期连续服用，有阻止复发的作用，但有耐药的现象出现，使服用药物也不能控制复发。患者平时应注意劳逸结合，加强体育锻炼，增强体质，在性生活上应适度。对目前正患生殖器疱疹者，由于病变部位有大量疱疹病毒，容易传染给他人，因此在疱疹没有愈合之前应避免性生活。
