体质敏感的人可能会因口服酶而过敏，如腹痛、出汗、便秘等过敏反应。这种时候要注意不宜空腹服用酵素，且一次的量不宜过多哦，应该循循渐进。
2未生育女性可能会影响生育
未生育女性朋友大量服用酵素排毒，可能会导致体内电解质紊乱，蛋白质不足，影响未生育女性的正常生育。除了酵素以外，其他排毒产品未生育女性都不宜大量使用。
3自制酵素过程中发生病原菌
自制水果酵素不可靠，生产过程中大量微生物过度生长，在生长有益菌的同时，其他病原菌也大量繁殖，对人体健康有危险。如果需要食用酵素也应该购买正规产品。
4自制水果酶含糖量过高
自制水果酶一般以水果和糖的比例放入容器内密闭发酵，一般为了考虑口感等因素放入很多糖，所以自制的酶一般含糖量高，不适合所有人，不增加血液含量。
5纯酵素是没有副作用的
有专家指出，纯酵素是没有副作用的。上述过敏反应和影响女性生育的症状不是酶的副作用，酶与一般保健药品的药理作用完全不同，酶是人体内营养素的一种，不会对人体产生副作用。
