1、中毒性巨结肠
为严重并发症，见急性暴发型溃疡性结肠炎和急性重症患者，其发生率约为2%。病人出现间歇性高热、精神萎糜呈重症中毒状态。腹部很快膨隆、有压痛、肠鸣音减弱或消失。结肠迅速扩张，肠壁薄，血运障碍，容易发生肠坏死穿孔，病死率极高，可达30%~50%。
2、结肠穿孔
多在中毒性巨结肠扩张的基础上发生。穿孔后导致弥漫性腹膜炎或局限性脓肿。穿孔部位多为乙状结肠或结肠脾曲部位。患者多出现高热感染中毒症状、腹胀、左侧腹部广泛肌肉紧张、x线透视或平板检查隔离气体。
3、下消化道出血
直肠、结肠可广泛渗血。大部分表现为血便、脓血便。
4、直、结肠癌
癌变发生率为0.7%~8%，甚至可达13%。比一般人口高5～20倍。病程在十年以上。
5、直肠和结肠狭窄
是晚期并发症，但很少引起肠梗阻。
6、内瘘
肠腔与肠腔或肠腔与其他空腔器官(膀胱、阴道等)相互粘连，形成内瘘的肠腔与皮肤相通形成外瘘，偶尔发生。
7、肛门及肛周病
如肛裂、直肠周围脓肿、肛瘘、痔疮脱落等。
8、其他系统并发症
如非特异性关节炎、结节性红斑、坏疽性脓皮病、虹膜炎、虹膜睫状体炎、角膜炎、口炎及腮腺炎、以及脂肪肝、小胆管周围炎等。
