结肠炎的发病原因尚未完全明确。目前公认的可能原因有:
1、自身免疫反应:
本病并发自身免疫患者较多，肾上腺皮质激素可缓解病情，部分患者血清可查出抗结肠皮细胞抗体，因此本病的发生可能与自身免疫反应有关。此外，一些患者在感染肠道菌后，可以与结肠上皮细胞抗原产生免疫反应，损伤结肠粘膜，并且患者淋巴细胞对胎儿结肠上皮细胞有细胞毒作用，提示怀疑结肠炎的发生也可能与细胞免疫异常有关。
2、感染:
本病的病理变化和临床表现与结肠感染性疾病(细菌性痢疾等)相似，感染是本病的原因。在细菌、真菌、病毒等多种因素中，目前的研究表明病毒的可能性很大。
3、遗传:
本病血缘家庭发病率高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎患者直系血缘亲属中约有15-30%的人发病。此外，双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病，也就是说，本病的发生可能与遗传因素有关。
4、神经精神因素:
精神因素在发病中也有发挥作用，患者多具有性格特征，对生活中重大事件的心理负担能力和适应性差，属于心身疾病等，心身疾病强调心身因素在疾病的发生和疾病过程中发挥重要作用。
