对于阿米巴结肠炎，粪便检查是确诊的重要依据。在患者的新鲜粪便中，特别是在血性粘液处仔细寻找阿米巴原虫，发现活动中吞噬红细胞的溶解组织阿米巴滋养体就可以确诊。一次也找不到，要多次检查，努力培养细菌和阿米巴。镜子检查时要注意保温。不那样的话，阿米巴的滋养体就不会活动，很难和巨大的食物细胞区别开来。乙状结肠镜检查有助于诊断，尤其是鉴别诊断。急性期可见其烧瓶样溃疡，溃疡间粘膜正常。慢性期可看到肠黏膜增生肥厚、肉芽肿及息肉等，可在病变处取活体组织送病理检查，进一步确定其性质。
实验室检查
粪便检查是确诊的重要依据。发现病原体后，必须鉴别非病原性阿米巴原虫。目前，血清学检查发展迅速，是诊断阿米巴病的重要实验，约90%患者血清，可通过ELISA、间接血凝和间接免疫荧光等检测不同滴度的抗体。PCR诊断技术是一种非常有效、敏感和特殊的方法。镜下检测含有四核的包，应认定为溶解组织内的阿米巴或迪斯帕内的阿米巴；粪便中检测出含有红细胞的滋养体，应高度怀疑溶解组织内的阿米巴。血清学检查高滴度阳性，应高度怀疑溶解组织内的阿米巴感染。阿米巴病仅由溶组织内阿米巴引起。
其他辅助检查
1、结肠镜检查对那些显微镜检查、血清学及PCR检查均未获阳性结果，而临床高度怀疑的病例，可行结肠镜检查或纤维肠镜检查。约2/3有症状病例中，直肠和乙状结肠黏膜可见大小不等的散在溃疡，表面覆有黄色脓液，边缘略突出，稍充血，溃疡与溃疡之间的黏膜正常。从溃疡面刮取材料作镜检，发现滋养体机会较多。
2、x线钡剂灌肠检查病变部有填充缺损、痉挛和堵塞现象。这种发现虽然没有特异性，但有助于阿米巴瘤和肠癌的鉴别。
