新生儿巨结肠常用以下治疗方案。
(1)保守疗法:精心护理病儿，做好手术前准备。目的是消除腹胀、便秘给患儿带来的痛苦，例如扩大肛门，用温生理盐水清洗肠道，服用缓和腹泻药，维持水电解质的平衡和营养等。洗肠前应以肛管或指检，了解直肠扩张情况及痉挛段的情况，肛管应插过痉挛段，使洗肠效果满意，腹部平坦、肌肉松弛。洗肠时应为病儿保暖，防止继发肺部合并症。
(2)手术治疗:
①结肠造瘘。新生儿巨大结肠初期，结肠造瘘是一种较好的方法，在1岁左右进行根治术。其适应症是不适合一期根治术的疾病，如全身状况差、营养不良的病例。造瘘后，注意保护口周围皮肤清洁干燥，卧位舒适，保温，精心饲养。
②近年来，新生儿期采用一期根治术，效果良好。手术前准备两周。包括清洗肠道，要求清洗到腹部柔软，纠正营养不良，使用抗菌素。术后病儿卧位取仰卧蛙式位，保护肛门处的环钳不被碰撞。待5-7天自然脱落。随时清洁肛门，保持干燥。
