不同于其他系统疾病，男性不孕不育不是单一的特异性疾病，而是由多种病因引起的男性生殖器，包括内外生殖器和性腺轴不同级别的异常，最终表现为生育能力下降或丧失的综合性疾病。正因为如此，男性不育症不能使用有效的药物和方法，治愈各种原因引起的男性不育症。相反，由于目前无法认识到所有男性不育的原因，临床上没有一定有效的治疗方法。目前临床有一定疗效的治疗方法:
(1)内分泌治疗:主要应用长期庚酸睾酮治疗促性腺激素低性腺功能低下症的溴隐亭治疗高泌乳素血症的克罗米芬治疗少精子症和HCG和HMG合用治疗促性腺激素低下症。
(2)生殖道炎症治疗:目前主张共同应用抗生素和抗炎药物，治疗效果良好。
(3)免疫治疗:应用外科手术切除生殖管部分损伤炉，减少抗精子抗体的发生，同时使用免疫制剂，可以取得良好的疗效。
（4）外科治疗：近年应用显微外科技术治疗男性生殖系疾病，是男性不育诊治技术的主要进展。现已广泛用于临床的有：输精管的显微外科吻合术、附睾管与输精管的显微外科吻合术。
(5)人工授精:应用各种物理和生化技术处理精液，提高精子妊娠能力，进行夫精人工授精(AIH)。应用精液冷藏技术，对无精子症患者给予供精人工授精（AID），但实际应用中对于供精者的选择等尚有许多复杂问题。
(6)治疗原因不明的不育症:现在除了明确病因外，还有一定治疗方法的男性不育症外，还有很多原因不明，诊断不明确的少精症和弱精症，统称为原因不明的男性不育症。这种情况的治疗方法很多，但治疗效果不确定。总结激素、抗生素、甲状腺素、维生素、微量元素、氨基酸等药物和中药治疗，同时建议患者避免烟酒，防止精神紧张、过度疲劳、维持正常营养和规律的生活习惯等。
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