小儿水合氯醛灌肠小剂量对人体危害不大。如果大剂量使用或反复多次使用，其危害包括腹泻、腹胀、便秘等胃肠道症状。可能会导致心脏搏动无力、损伤肝肾、过敏反应、药物依赖性等，需在医生指导下使用。
水合氯醛灌肠主要用于小儿高热惊厥或者是癫痫，可起到抗惊厥、止惊作用。水合氯醛灌肠只要是在安全剂量的前提下，一般是不会表现出副作用的。需要提醒的是，有直肠炎和结肠炎的小儿要禁止灌肠使用，可口服使用。
