正常制作的干净灵芝汤，在适量食用时并不会导致拉肚子。若出现拉肚子的症状，有可能是制作汤的过程中食品卫生不达标，如厨房卫生脏乱，导致汤里进入了其他物质，诱发了急性肠胃炎，导致拉肚子；也可能是机体本身因着凉或进食了其他不卫生的食物，处于胃肠道敏感期，喝灵芝汤后出现拉肚子的情况。
灵芝中富含大量多糖、氨基酸、生物碱、腺苷、纤维素及微量元素等营养物质，适量食用可为机体提供大量营养，还可辅助降糖、降脂，适量食用也无明显不良反应。但如果食用过量，可能会引起消化不良，导致腹胀、拉肚子的情况，通常可自行缓解，必要时可使用药物进行治疗。
若出现长时间拉肚子不止时，机体水分大量丢失，易出现水、电解质紊乱，建议不要再喝灵芝汤，需注意补充水分，保持机体水、电解质平衡，同时还可以服用止泻药物如蒙脱石散、鞣酸蛋白、盐酸洛哌丁胺等进行止泻。
