系统检测除全身检测外，还应进行生殖系统检测。除一般诊察、接触诊察外，还进行阴道窥镜检查和内诊(双合诊察或三合诊察)，初步了解阴道、宫颈、子宫、输卵管、卵巢、骨盆的大致情况，如子宫大小、位置是否正常、子宫、输卵管、卵巢是否肿块、压痛、子宫是否抬起疼痛、附件的活动度等。
（1）推测有无排卵及预测排卵期：可通过基础体温测定以及宫颈粘液检查或激素测定来判断。
（2）子宫内膜检查：必要时通过活检了解子宫内膜的功能状态，而且经项检查又是了解有无排卵或黄体功能状态的可靠方法，同时还可以了解宫腔的大小，排除宫腔病变，如结核、子宫肌瘤等。
(3)内分泌功能测定:例如，在月经周期的不同时间测定血清雌激素、妊娠激素水平，测定了解卵巢功能状况的基础代谢率，测定了解甲状腺功能的肾上腺功能测定和血清泌乳素测定等。
(4)输卵管流畅检查:包括输卵管通气、通液检查和子宫输卵管造影，主要了解输卵管是否顺畅，子宫输卵管发育是否正常，是否畸形等。对输卵管不通畅的人(轻度粘连等)也有治疗作用。
(5)免疫学检查:了解是否存在抗精子抗体，除了进行抗精子抗体测定外，还可以通过**后试验、体外精子透过试验等间接理解。
(6)脑部(蝶鞍部)x线检查:了解垂体是否有肿瘤或其他病变。
(7)染色体检查:有些不孕症与体内存在抗精子抗体有关，有时需要进行免疫学检查。
不孕不育检查注意事项
女性不孕不育检查，除开医生询问病史，开展一般体格检查和妇科检查外，大多数是先初步检查血常规、尿、粪常规、血沉、血型、胸部摄影，排除不孕不育的全身性病或别的部位病。进一步检查排卵功能。检测排卵的方法有很多，但最实用的还是检测基础体温和宫颈粘液。通过这两种方法大致可以确定是否有排卵，但是不能明确确确定什么时候排卵，前后可5-7天的误差。宫颈粘液少而厚，基础体温极不典型，也有排卵的人。
性交后试验一般在排卵期进行，主要目的是检查精子是否能够穿过宫颈粘液而进入子宫，同时也可反映有无抗精子抗体或宫颈病变。
为了理解子宫内膜的发育程度，必须在月经前进行子宫内膜活组织检查。如果基础体温被怀疑黄体功能不全，应测定尿中妊娠二醇激素，确定卵巢引起的黄体功能不全或子宫分泌期子宫内膜功能不全。
为了判断输卵管的通畅性，必须在月经干净后排卵日前进行输卵管通气试验和子宫、输卵管造影术。
如果怀疑子宫畸形和内分泌功能障碍(例如多囊卵巢综合征)，或者触摸骨盆内有肿块，需要知道肿块和内生殖器的关系，可以进行骨盆充气造影和双重造影(骨盆充气同时进行子宫输卵管造影)的检查。
排卵功能有障碍的患者，应进行多种复杂的试验，判断原因。初诊时怀疑有内分泌疾病时，应进行甲状腺、肾上腺皮质、胰腺胰岛功能等内分泌检查。怀疑是神经性疾病的原因者，必须进行植物神经系统的功能检查。根据情况有的还需作免疫学试验以测定有无抗精子抗体存在，或作腹腔镜检查以寻找一般检查不易找到的原因。
