被评价为20世纪改变人类生活的重大科学技术发明之一的试管婴儿技术，自诞生以来就备受争议，但争论的焦点主要集中在伦理上，对技术本身的安全性不太引人注目。
科学家们一直认为给宝宝的健康带来高风险的原因，主要来自于父母双方的遗传。例如糖尿病和高血压可能会伤害婴儿子宫。但是，近年来的研究表明，试管受精和其他辅助生育技术也可能是导火线之一，通过生育治疗出生的婴儿更有可能患自闭症、癌症、脑瘫、智力障碍等疾病。
2006年7月，英国伦敦某医院报道，自闭症在一般人中的发病率为0.39%，试管婴儿的疾病风险达到1.56%，是普通人的4倍。此外，白血病和脑肿瘤的可能性也高得多。
小问题的发病率，如注意力不集中和多动症，试管婴儿比普通婴儿高40%，影响听觉和视觉的发病率高2倍。研究表明，生育治疗的孩子有30%以上进入新生儿重症监护病房的机会，在医院住了3天以上。研究人员强调，这些数字代表了相对危险性。
瑞典乌普萨拉市儿童医院的斯特龙伯格和同事发现试管婴儿更有可能患有明显的神经问题，尤其是脑瘫。通过比较，试管婴儿患脑瘫的人数比普通婴儿高一倍以上。斯特龙伯格博士认为，这些结果试管受精的可能性很高。
芬兰科学家最近的研究表明，与自然妊娠分娩的孩子相比，试管婴儿的身体更差。芬兰国立卫生福利研究和发展中心发现，试管婴儿童年的整体健康状况令人担忧，各种疾病的患病率很高。一些儿童疾病发病率的上升与试管婴儿数量的增加密切相关。
美国旧金山加利福尼亚大学玛丽·克劳盖恩对2000名孕妇和2000名孕妇进行了跟踪比较调查。她发现，原来的不孕妇通过技术手段怀孕后，早产、痉挛、难产、剖腹产等并发症较多。她们出生的孩子的体重也比正常出生的婴儿轻20%以上。
克劳盖恩在美国生殖医学学会2006年年会上说:接受生育治疗后，很多不育夫妇出生的孩子都很健康，但是即使有夫妇的危险因素，孩子也有可能出生不健康。
