由于复发性口疮的病因不太清楚，给治疗带来了一定的困难。其自限性能治愈轻溃疡，治疗目的是缩短病程，减轻症状。要保持口腔内的清洁卫生，避免硬物的摩擦及咬伤。局部治疗以消炎、止痛、促进愈合为主，全身治疗应消除可能存在的致病因素，严重者全身用药治疗，改善免疫异常、营养不足等情况。
局部治疗可用消炎药，选用金霉素药膜、洗必泰药膜等局部外敷，或0.1%醋酸氟羟泼尼松软膏、2.5%金霉素甘油局部涂，或2%四环素液、0.25%金霉素液含漱，1日4次；0.02%￣0。2%洗必泰液含漱，每次1￣2分钟，每日数次；四环素混悬液含2分钟后咽下，每日4次；局部治疗还可用止痛剂，如0.5%达克罗宁液、1%普鲁卡因液、2%利多卡因液等，进食前擦干局部后少许涂用。
腐蚀剂用于溃疡面上灼蚀溃疡，形成假膜促进愈合。例如，使用50%￣100%三氯醋酸、5%￣10%硝酸银、8%氯化锌等，在表面麻醉下擦拭局部，在探针上涂抹少量药液，直到表面变成灰色为止，该方法破坏溃疡面周围的组织，延长愈合时间华素片、溶菌酶片(20mg)每天3￣5次，含化，也有消炎止痛、止血消肿的作用。
口内紫外线灯、激光等照射也有止痛、促进愈合的作用。对经久不愈，疼痛明显或范围较大的溃疡可用皮质激素局部封闭，用2.5%醋酸强的松龙混悬液0.5￣1.0ml，加入1%普鲁卡因0.5￣1.0ml，以侵润方式注射入溃疡的基底部（避免药液从溃疡处溢出或进入血管），每周1￣2次。
对于经常发作、溃疡较深、经久不愈的溃疡，应考虑全身治疗，促进愈合，减少复发频率，提高疗效。
肾上腺皮质激素:泼尼松(强松、去氢松)5￣15mg，每天4次地塞米松(氟美松)0.75￣1.5mg，每天2￣4次。免疫增强剂:转移因子2￣4ml(1根)，上臂内侧皮下注射，每周1￣2次左旋咪唑45￣75mg，每天3次，连续服用2天，停药5天，1￣2月为疗程(注意头晕、恶心、鼻血、皮疹、白细胞下降等副作用)胸腺素1￣10mg，每天或隔日1次胎盘脂肪多糖0.5￣1.0mg，肌肉或皮下注射，每天1次，20天为疗程。
对于严重口疮患者，皮质激素治疗效果不理想或无法忍受的少数病例可以考虑合用免疫抑制剂:环磷酰氨25￣75mg，每天2次，4￣6周为1疗程的硫唑布丁100mg，每天1次，连续服用数月(注意粒细胞减少的副作用)昆明山海棠500￣750mg，每天3次(注意不要过量)。
