流行性腮腺炎不治疗或治疗不当，可引起脑膜脑炎、胰腺炎、卵巢炎、及睾丸炎等，其病发率约14%左右。
一、脑膜脑炎
流行性腮腺炎可能导致脑膜脑炎，男孩比女孩患病率高，有时出现腮腺肿大等，常见症状为头痛呕吐。20%病人出现惊厥，主要以淋巴细胞为主，有良好愈后效果。
二、胰腺炎
流行性腮腺炎可能导致胰腺炎，临床上较常见症状有发热，呕吐，腹泻或便秘及上腹部疼痛，若没有出现腮腺肿大，可能被误以为是胃肠炎。
三、卵巢炎
青春期女性患病后，可出现卵巢炎，如下腹部位有疼痛感，出现发热、月经失调，情况严重有卵巢压痛感。
四、睾丸炎
男性流行性腮腺炎可能出现睾丸炎，出现率约在14%左右。
