导致肛瘘的原因有细菌感染、真菌感染、压力导致、直肠肛门损伤、肛周脓肿。
1、细菌感染：由于肛管直肠部位是“排污”的重要通道，细菌非常容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体，造成感染发病，逐渐形成脓肿，破溃而为肛瘘。
2、真菌感染：结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克罗恩病难以自愈而形成特殊性肛瘘。
3、压力导致：压力导致：直肠内有一定的压力，将直肠感染物质，如粪便、气体，经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，是造成瘘道的原因。
4、直肠肛门损伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
5、肛周脓肿：由于粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，患者常不予以重视，肛周脓肿破溃后，外部破溃口和切口缩小，形成瘘管。
肛瘘是生活中比较高发的一种疾病，具有痔疮的反复性。患有肛瘘病的患者如果一旦患病就应该及时治疗，尽量把对人体的伤害降到最低。但是如果不及时治疗的话还能引起一些并发症，如此下来对身体和生活的影响就可想而知了。
