羊水穿刺扎到胎儿四肢一般不会有不良后果，但若扎到头部或眼睛等部位，则可能会造成意外流产、宫内感染或发育缺陷。
羊水穿刺能有效检测胎儿是否有染色体异常等情况，属于一种有创性的产前诊断方法，是侵入性手术，故在穿刺过程中可能会存在有扎到胎儿的风险性。此时若只是扎到胎儿四肢，一般不会造成明显不良后果，不会影响胎儿正常生长发育，后续注意定期接受产检即可。
若羊水穿刺时穿刺针扎到胎儿头部或眼睛，则可能会增加胎儿意外流产的可能性，且会引起局部出血，可能会造成宫腔内感染，还会影响胎儿正常生长发育，出现一定的发育缺陷，如大脑智力发育障碍或视力损伤等。但羊水穿刺是在超声波引导下进行，目前检测技术成熟，在正规医院接受检查出现扎到胎儿的可能性非常小，故不必过于担心。
