系统彩超是排畸检查的一个重要手段，通常在怀孕18-24周内进行检查。
在进行系统彩超检查时，会利用高分辨率的彩色多普勒血流显像仪，对胎儿全身进行系统的检查。检查内容包括胎儿的脊椎、头颅、颜面部、心脏、腹部、肢体等部位，为判断胎儿是否有发育畸形问题提供科学依据。一般在怀孕24-28周之间是系统彩超检查的最佳时间，因此时胎儿各项组织器官已经发育完善，胎儿大小适中，进行系统彩超检查受骨骼回声影响较小。在此期间羊水量适中，超声诊断图像清晰，所以检查结果会更准确一些。
如未到24周就进行系统彩超检查，胎儿各个脏器还未还未发育完全，会漏检未知的畸形。如超过28周进行检查，胎儿较大，一旦检查中发现胎儿发育畸形，引产难度较大，对母体的伤害也较大。
