HPV检测为阴性还有感染的可能，大多与感染的HPV未被筛查出来、未按要求检测、感染其他致病微生物、检测阴性后接触HPV等原因有关。
目前发现的HPV有100多种，但能筛查出来的HPV只有30种左右，如果感染的HPV属于筛查种类之外的，虽然检查结果显示HPV为阴性，但依然存在HPV感染的情况。
检测HPV时最好选择月经干净3-7天内，检查前3天的不可同房，不可阴道给药或冲洗阴道等，否则会影响检查结果的准确性，即使存在HPV感染，但检查结果却为阴性。
虽然HPV检测都是阴性，但检查者免疫力较低，平时又不注意个人卫生，可能会出现细菌、真菌、其他病毒等感染的情况。
另外，HPV会通过不洁性生活，接触被HPV感染的毛巾、浴巾、内衣、公共场所的马桶、公共浴池、公共游泳池等，出现HPV感染。检测HPV为阴性后，通过直接或间接接触的方式沾染HPV病毒，可能会导致HPV感染。
