（一）与陈旧性宫外孕 临床表现有腹痛，月经异常，盆腔检查于一侧可触及肿块等易与慢性输卵管炎混淆。但是，陈旧性异位妊娠有停止经历，突然出现下腹部疼痛、恶心、头晕等内出血症状，疼痛可以自己缓解，之后多次突然发作，下腹部出现肿块，伴有少量出血。患者呈贫血状态。妇科检查时，肿块往往偏向于一侧，质地实用，有弹性，形状极不规则，压痛轻于炎症。通过后穹孔穿刺可以吸收旧血液和小血块。
(2)子宫内膜异位症有痛经、月经多、性交痛、排便痛、不孕、骨盆肿块粘连等体征，容易混合。慢性输卵管炎诊断子宫内膜异位症患者无急性感染病史，经各种消炎治疗无效。其痛经特点为继发性、进行性加重，经前开始，经期剧烈并持续至经后数日。妇科检查则盆腔中有明显的粘连，子宫均匀性增大，并固定于后倾后屈的位置，子宫直肠窝处，特别是子宫骶骨韧带有不规则硬结节及触痛。必要时可用药物试验治疗。
(3)与双子宫腺肌病有痛经，检查时容易混合骨盆肿块。但是，双子宫腺肌病、腹痛规律与单子宫相同，仔细检查可以接触两个肿块，形状与子宫相似。子宫碘油造影可发现畸形子宫。
（四）与卵巢囊肿 肿瘤为囊性，位于下腹一侧，肿块以外可扪到子宫体，故与输卵管积水难以鉴别。但卵巢囊肿无炎症病史。妇科检查时肿瘤呈圆形或椭圆形较多，表面光滑且活动。典型的输卵管积水呈肠状，肿块周围有粘连，一般囊壁薄。输卵管积水大或扭转时，两种疾病难以识别。只有在手术中才能确诊。
(5)与慢性阑尾炎大多数慢性阑尾炎患者没有典型的急性阑尾炎发作史，只诉说右下腹痛和胃肠功能障碍症状，阳性体征也不明显，需要与慢性输卵管炎的区别。X线钡餐检查可有一定帮助。阑尾不能显示时，盲肠内侧有限的压痛，压痛部位随盲肠位置的变化而移动。妇科检查子宫和附件无异常。
(6)和输卵管结核表现月经失调、腰痛、下腹隐痛、不育等症状。但而，输卵管结核患者往往没有急性炎症病史。往往于生殖器以外脏器如肺、肠、腹膜等有结核病灶存在。月经失调多见闭经表现。子宫内膜活体组织检查，大部分可以发现结核病灶。血沉快、胸部透视、胃肠与盆腔X线摄片以及子宫一输卵管碘油造影可帮助诊断。
（七）与卵巢冠囊肿 于盆腔触及囊性肿块则应与输卵管积水鉴别，一般说鉴别较为困难。但卵巢冠囊肿无炎症病史。妇科检查肿块呈圆形囊感明显，活动，无粘连。
