所有的疫苗在上市前都要经过动物实验、临床实验和药监局的批准，宫颈疫苗和其他疫苗一样，也有这些步骤，一旦有什么严重的反应，会被召回。因此宫颈疫苗的安全性还是可以保证的，但是宫颈疫苗也有一些副作用。
其中一类副作用是注射任何一类疫苗都有可能出现的注射部位局部的皮疹以及红痒。另外可能会出现头晕、恶心或者发烧的现象，但是这些副作用持续时间都不长，而且很轻微，在几小时或几天内就可以恢复。除此之外，宫颈疫苗目前还没有报道出有严重的副作用。其实造成这些副作用的大部分原因并不是疫苗本身的抗原，而是疫苗成分中用到的佐剂。
因此，注射宫颈疫苗整体来看是安全的。在世卫组织全球疫苗安全咨询委员会对宫颈疫苗进行的安全性审议中，基本上所有的数据肯定了HPV疫苗的安全性。但是也有少部分人在接种疫苗后出现精神紊乱、消化和呼吸系统疾病的情况，但是概率不高。
