临床诊断假膜性肠炎，应注意与下列病症区别。
1、肠扭转或肠套叠复位术后
肠扭转或套叠导致肠道缺血、缺氧，血液循环改善后，毒素吸收引起高热和腹泻，有时需要鉴别假膜性肠炎。肠扭曲和肠套叠复位术后出现的腹泻来自肠道积存的内容物，腹泻次数和量比假膜性肠炎少，不增加，内容物中含有的成分也比假膜性肠炎多，尽管有暂时的全身中毒症状，但总体趋势逐渐缓和。大便不会出现典型的水样，也不会出现假膜，细菌涂层和培养不以球菌为中心，也不会出现难以辨别的梭杆菌。
2、溃疡性结肠炎
溃疡性结肠炎常有长期腹泻史，严重者每天十次以上水样便利，少数急性患者发病急剧，全身有严重毒血症状，广泛结肠病变有中毒性巨大结肠表现，直到肠穿孔和弥漫性腹膜炎发生。溃疡性结肠炎的病变以结肠、直肠为主，假膜性结肠炎的病因缺失，有反复发作的倾向，粪便检查没有假膜和相关病原体，粘膜见多发性溃疡和息肉，x线检查和结肠镜检查有助于诊断。
3、克罗恩病（克隆病）
多见于20～40岁，男女发病率大致相等，急性发病者有回肠充血水肿、肠系膜增厚淋巴结肿大，可出现发热、腹痛、肿块及穿孔。克罗恩病的病程较长，症状时轻时重呈间歇样发作，腹泻不严重，大便常为不成形稀便无假膜形成，与使用抗生素药物无关。最后确诊需要钡食物和钡灌肠、结肠镜检查和组织活检。
4、出血性坏死性肠炎
出血性坏死性肠炎与肠黏膜缺血损伤、细菌感染有关，多见于婴幼儿及儿童，男性高于女性，病变以小肠为主，肠黏膜阶段性充血、水肿、出血、坏死，可伴肠系膜及所属淋巴结炎症。可有急性腹绞痛、腹泻、便血和毒血症，粪便有特殊的腥臭味。发病1～2天内出现全身衰竭、寒战、发热、白细胞升高与核左移、出现中毒颗粒等毒血症表现。轻微出血性坏死性肠炎只有腹泻和少量血性水样，很难鉴别假膜性肠炎。
