1、中毒性肠瘫痪:原发病为腹泻或败血症时，易误诊坏死性肠炎为中毒性肠瘫痪，但后者无便血，x线片无肠壁间积气等。
2、机械性肠梗阻：X线腹平片上液平面的跨度较大，肠壁较薄，无肠壁间隙增宽模糊，无肠壁积气，再结合临床不难区别。
3、肠扭转:此时机械性肠梗阻症状重，呕吐频繁，腹部x线平片显示十二指肠梗阻影像，腹部影响密度均匀深化，存在不规则多形气体影响，无明显充气扩张的肠曲。
4、先天性巨结肠：有腹胀，X线片上有小肠、结肠充气影，需与早期坏死性小肠结肠炎鉴别。前者有便秘史，无血便，x线片动态观察无肠壁气征。
5、新生儿出血症：生后2～5天出现，可以胃肠道出血为主，需鉴别。本病生后没有给予维生素k注射史，没有腹胀，x线片也没有肠道充气和肠壁积气，维生素k治疗有效。
6、自发性胃穿孔：多由于先天性胃壁肌层缺损引起，常见于胃大弯近贲门处。病儿生后3～5天突然进行性腹胀，伴呕吐、呼吸困难和发绀，X线平片腹部仅见气腹，无肠壁积气或肠管胀气。
