四环素类抗菌药物
金霉素、土霉素、强霉素等四环素抗菌药物含有大量羟基、烯醇羟基和碱，在中性条件下可与各种金属离子形成不溶性螯合物：钙或镁离子、铁离子、铝离子形成黄色络合物。如果用矿泉水服用，水中的钙、镁等离子体可能与四环素抗菌剂形成不溶性物质，降低疗效，严重结石。
强心苷类药物
这些药物不应与一些碱性药物和食物一起服用。如果地高辛、有毒旋花子苷、羊角苷、铃兰苷等强心苷类药物与酸药物（特别是三硅酸镁）一起使用，药物的吸收将受到抑制，导致强心苷的作用减弱。弱碱性矿泉水可增强洋地黄等药物的毒性，引起黄视等中毒症状。
中药
有些人认为矿泉水含有矿物质，用来煎中药会很好，但事实并非如此。由于绝大多数矿泉水是微碱性的，有利于维持正常的渗透压和酸碱平衡，可能与黑梅、五味子、山茱萸、山楂等酸性中药发生反应。此外，矿泉水应稍冷冻或加热后饮用。在室温下，钙和镁处于离子状态，容易被人体吸收。然而，当油炸药煮沸时，钙和镁很容易与碳酸根产生结垢，这不仅会失去钙和镁的微量元素，还会与中药中的其他成分产生沉淀物，影响疗效。
