小儿柴桂退热颗粒是一种常见的中成药，一般没有明显的副作用，基本上不会对患儿身体产生损伤。极个别患者在服用小儿柴桂退热颗粒之后会出现轻度腹泻、腹胀、恶心、呕吐等胃肠道反应，但是症状较轻微，在停药之后临床症状即可消失。
其次，极少数患者属于过敏体质，可能会对小儿柴桂颗粒中一种中药成分过敏，进而导致服药之后出现皮疹、皮肤瘙痒、皮肤发红等皮肤过敏症状。
