结膜结石并非不治之症，通过确切方法系统性治疗，可完全治愈。治疗结膜结石常用方法为药物治疗、结膜结石剔除术。
1、药物治疗
结膜结石与眼睛受到慢性炎症反复刺激有关，因此在治疗方面可通过药物治疗，局部应用消炎类药物缓解局部炎症，避免眼睛受到过度刺激，局部炎症反应消失，症状可逐渐好转。常用药物为：抗生素类滴眼药、消炎抗菌药膏。
2、结膜结石剔除术
结石体积较大者通过药物治疗无法改善病情，可通过结膜结石剔除术剔除结膜表面结石。该种手术仅属于小手术，在门诊实施即可。操作较简单，先应用消炎类眼药水清洗眼睛，后有针头将结膜结石挑出即可。剔除术后未避免局部感染，需继续应用消炎抗感染作用眼药水进行巩固性治疗。
